Sejarah RSAU dr esnawan Antariksa berawal dari Kesehatan lanud Halim Perdanakusuma yang saat itu masih Bernama Pangkalan Udara Cililitan yang diserahkan oleh pemerintah Belanda kepada Indonesia. Pada tahun 1971 dengan adanya instruksi KASAU No 36 Tahun 1971 dipisahkan dari gugus Kesehatan 502 menjadi Rumah Sakit Kodau V Jakarta. Yang selanjutnya pada tanggal 25 Februari 1977 ditetapkan sebagai Rumah Sakit ABRI Tingkat II yang menjadi pelaksana Kesehatan TNI AU.
Pada tahun 1982 Rumah Sakit Pusat Angkatan Udara yang semula berkedudukan di Ciumbuleuit Bandung di pindahkan ke halim dengan pertimbangan untuk menghormati jasa-jasa pendiri Kesehatan TNI AU dan diberi nama RUSPAU dr Esnawan Antariksa yang peresmiannya di sahkan oleh KASAU yang pada saat itu dijabat oleh Marsekal TNI Oetomo.
Dan pada tahun 2012 Berdasarkan Peraturan Kepala Staf Angkatan Udara Nomor PERKASAU/92/X/2012 tanggal 1 Oktober 2012 dan Instruksi KASAU Nomor INS/6/X/2012 tentang Perubahan Status Rumah Sakit Pusat Angkatan Udara (RSPAU dr Esnawan Antariksa) menjadi RSAU dr Esnawan Antariksa.